Если сотрудника включили в исходный отчет ошибочно.
Отправьте корректировку с этим сотрудником, удалив в его карточке Подраздел 3.2. В строках 160-180 укажите признак «нет» и уменьшите количество застрахованных лиц в строках 010 Приложений 1 и 2. Суммы в Разделе 1 и Приложениях 1 и 2 к Разделу 1 меняются с учетом этого сотрудника, то есть уменьшаются.
Так вы обнулите данные по нему в базе ФНС. Дальнейшие действия советуем согласовать с инспекцией.