Текущая точка зрения чиновников: штрафы не облагаются НДС.
Чиновники рекомендуют полученные от покупателя суммы неустоек (штрафов и пеней) расценивать как меру ответственности за просрочку оплаты товаров и услуг и применять к ним положения постановления Президиума ВАС РФ от 05.02.2008 № 11144/07. В соответствии с этим постановлением сумма неустойки, полученная продавцом от покупателя, считается мерой ответственности за несоблюдение сроков договорных обязательств и потому не связана с оплатой реализованных товаров по ст. 162 НК РФ. Следовательно, такая неустойка не подлежит обложению НДС. Позиция Минфина РФ о невключении суммы штрафов в налоговую базу по НДС приведена в письмах от 27.07.2016 № 03-07-11/43854, от 07.10.2015 № 03-07-07/57255.
В то же время Минфин России подчеркивает, что если определенные договорными условиями суммы неустоек и штрафов по своему существу не являются таковыми и являются на самом деле элементом ценообразования, предусматривающим оплату реализованных товаров (работ, услуг), то указанные суммы подлежат обложению НДС (письма Минфина России от 05.10.2016 № 03-07-11/57924, от 09.11.2015 № 03-07-11/64436, от 04.03.2013 № 03-07-15/6333 [последнее направлено ФНС России для сведения нижестоящим налоговым органам письмом от 03.04.2013 № ЕД-4-3/5875@], а также постановления Президиума ВАС РФ от 05.02.2008 № 11144/07 по делу № А55-3867/2006-22, ФАС Московского округа от 11.03.2009 № КА-А40/1255-09 по делу № А40-32554/08-129-101 и ФАС Северо-Кавказского округа от 07.07.2011 по делу № А32-40880/2009).